Gözle görülemeyecek kadar küçük olan cisimlerin görünür hale gelmesini sağlayan bir alettir. En çok tıpta, mikrobiyoloji ve bakteriyolojide, botanikte faydalanılır. Mikroskop bir mercek düzeni vasıtasıyla bakılacak cisimden yansıyan ışınların büyük gösterilmesi esasına dayanır. Başlıca «yalın» ve «bileşik» olmak üzere iki çeşit mikroskop vardır.

Yalın mikroskoplar, bir cismin en fazla 400 defa büyük görünmesini sağlayabilir. Bunlarda bir mercek sistemi vardır. En basit yalın mikroskop büyüteçtir. 'Bileşik mikroskoplarda ise iki tane mercek sistemi vardır. Bu sayede cisimleri çok daha büyük göstermek mümkün olur. Bir cismi 2.500 defa büyütür.

Elektron mikroskobu: İlk defa 1932'de yapılan bir mikroskop çeşididir. Bunda bildiğimiz ışık yerine elektron akımı kullanılır. Özel bir düzenle 50 - 100.000 voltluk bir gerilim verilen elektronlar, bir manyetik alandan geçerken kırılır ve sanki bir mercekten geçiyormuş gibi yansırlar. Bundan sonra objektifler yardımıyla daha da büyütülen cismi rahatça incelemek mümkün olur. Elektron mikroskopları, bir cismi 200 - 300.000 defa kadar büyütebilirler.

Mikroskobu, ilk önce Hollandalı Zacharias Janssen’in, 1590 dolaylarında bir teleskobu tadil etmek suretiyle meydana getirdiği kabul edilmektedir. Ancak bu sıralarda başka Hollandalı, Alman, İngiliz ve İtalyan bilginleri de, mercek sistemi tersine çevrilmiş bir teleskobun, cisimleri büyütmek için kullanılabileceğinin farkına varmışlardır.

Nitekim dünyanın güneş etrafında döndüğünü açıkladığı için engizisyon işkencesine tabi tutulan ve dünyayı güneş etrafında döndürmekten vazgeçmesi şartıyla papa tarafından serbest bırakılan meşhur İtalyan bilginiGalilei Galileo (1564-1642) iki mercek kullanarak bazı tecrübelerde bulunmuştu. Bugünkü mikroskobun ana prensiplerini ise 17. asırda Hollandalı Auton van Leeuwenhoek ve İngiliz Robert Hook bulmuşlardır.